I Begyndelsen af September 1812 fik han efter Ansøgning Tilladelse til i private Anliggender at foretage en Reise til Christianssand, og paa Tilbageturen fra dette Sted til sin Station forliste han og druknede udenfor Langesund.
De nærmere Omstændigheder ved denne sørgelige Begivenhed er følgende:
Den 26de Oktober om Morgenen mellem Kl. 8 og 9 gik han Seil med en af de saakaldte Kommandoskøiter fra Havssund, hvor han havde ligget om Natten. Skøitens Besætning bestod af en Skipper, en Kjendtmand og 4 Matroser, og som Passagerer medfulgte Kaptein Holm, Premierløitnant Seidelins Frue med et Barn og en Tjenestepige samt en Frøken Gaarder. Vinden var SSO. med stiv Kuling og temmelig høi Sø af SO.; Skøiten førte urebet Storseil, Fok og Klyver. Efterat have gjort nogle faa Slag ud fra Havnen Havssund, stod de med godt fuldt Seil østerefter for om muligt at ligge Skjæret Skjæræg forover og da at styre ind til Helgeraaen, hvorfra Kaptein Holm og de øvrige Passagerer videre vilde fortsætte Reisen overland til Fredriksværn. Dette lykkedes imidlertid ikke paa Grund af den svære Søgang, og da de kom under Langøpynten, spurgte Holm Kjendtmanden, om han ikke mente, at man kunde forsøge et Par Slag for at komme Pynten forover og derved opnaa at komme til Helgeraaen, da han inderlig ønskede at gjenvinde de mange Dage, som paa Grund af Uveir og Modvind var spildte paa denne uheldige Reise. Kjendtmanden antog, at man godt kunde gjøre et saadant Forsøg, naar man blot passede paa at vende itide over den anden Boug for ikke at komme Langesundstangen for nær, især da Skøiten havde vist sig at være et maadeligt Søfartøi, som ofte nægtede at vende. Ved Langøen vendte Skøiten meget godt, og da den nærmede sig Langesundstangen, meldte Kjendtmanden i god Betids, at de maatte vende igjen, hvilket strax iværksattes, men Skøiten nægtede denne Gang at vende. Uagtet det var god Plads endnu til at give fuldt Seil og igjen forsøge paa at stagvende, vilde Kaptein Holm dog ikke gjøre et nyt Forsøg, som rimeligvis neppe vilde have lykkes, men gav Ordre til at losse Pigfald, halse op Storseilet og kovende. Befalingen blev strax udført, men Fartøiet laa og arbeidede uden at ville falde.
Paa engang saa nu alle den overhængende Fare, og man ilte hen for at faa Aarerne ud og dermed ro Skøiten rundt, men inden dette kunde ske, reiste sig en svær Braadsø, som med rivende Fart førte dem mod Langesundstangen, hvor Skøiten gjorde et voldsomt Hug, hvor efter Søen brød over den. Kaptein Holm raabte i det samme til Damerne i Kahytten, at de maatte komme op, da Fartøiet forliste. Øieblikkelig efter kom næste Braad og styrtede Skøiten saa voldsomt mod Skjæret, at den sank med Et. Enhver søgte nu at redde sig, og Kjendtmanden kom op i Skøitens Baad, som skjønt fuld af Vand flød endnu. Kaptein Holm og Frøken Gaarder søgte Baaden, og da Kjendtmanden saa Sidstnævnte tæt ved sig, rakte han Haanden ud for at hjælpe hende at komme op, men samtidigt kom den tredie Braadsø, som kantrede Båden og skilte alle fra hverandre. Strax efter saa Kjendtmanden Kaptein Holm, Frøken Gaarder og Tjenestepigen at drive døde frem og tilbage med Søen; Skøitens øvrige Besætning saa han kun lidet til, de var formodentlig knuste mellem Skjæret og de omdrivende Vragstumper. Fru Seidelin var ikke kommen op af Kahytten, hvor hun saaledes med sit Barn fandt Døden. Af Skøitens Besætning reddedes kun Kjendtmanden og en Matros ved tililende Hjælp fra Langesund. Ligeledes fandt man Ligene af Kaptein Holm og Frøken Gaarder. Kapteinen havde samme rolige Mine, som stedse hvilede over hans Ansigt; efter al Sandsynlighed var han af Søen kastet mod Skjæret med saadan Kraft, at han havde tabt Bevidstheden. Paa flere Steder af hans Legeme saaes blaa med Blod underløbne Pletter.
Hjælp til Bjergning blev øieblikkelig ydet, da flere Mennesker stod paa Langesunds Brygger og saa paa Forliset, og Doktor Gartner, som tilfældigvis var tilstede i Langesund, gjorde alle Oplivelsesforsøg, men forgjæves.
Den 2den November blev de Forulykkede begravne, og Beretning herom blev Dagen efter indsendt af Chefen for den ved Jomfruland stationerede Flottilledivision, Kapteinløitnant C. C. Lous, saalydende:
«Igaar fandt Begravelsen Sted. Kommandør Fabricius {Værftschef i Fredriksværn), Oberst Meylænder, Kapteinløitnanterne S. A. Bille og Müller, Løitnant Paludan, Præsten Bull fra Fredriksværn med flere var tilstede ved denne sørgelige Høitidelighed, som gik for sig paa følgende Maade:
Tvende Officierer toges til Marchaller, som gik foran Toget, derefter Hauboisterne fra Fredriksværn, som spillede en passende Marsch, saa Dannerflaget vaiende paa halv Stang, derefter 6 af Byens unge Piger, hvidklædte med Kurve, hvori Krandse og Grønt, hvilket sidste strøedes under Gangen langs efter Veien, saa Dannebrogsordenens Kors paa en Pude, derefter de jordiske Levninger af den for tidligt tabte, kjække Holm, som blev baaret af de tilstedeværende saavel Militære som Borgere, hvilke kappedes om at faa fat; saa Kisten, hvori Frøken Gaarder, baaren af de vakreste Matroser ved Divisionen i hvide Skjorter, prydet med sorte Baand, derefter de tvende bjergede Matroser og saa en lang Suite af de øvrige Følgende. Toget gik i Kirken, som var prydet ved Koret med en Æreport, hvori en Medaillon saaes, hvorpaa var malet Mod og Dyd, hædret af paaskjønnende Medmennesker. Dette var foranstaltet af Hr. Just Wright uden vort Vidende. Kisterne, som var omviklede af det danske Flag, sattes i Koret, 3 af de ommeldte unge Piger stod paa hver Side, og Flaget vaiede for Enden. Efterat en passende Salme var af sunget, holdt den herværende Præst en Tale hvorefter følgende af Hr. Kommandør Fabricius forfattede Sang sunget:
Grav-Sang.
Melodi: Værer Fred med Eder alle!
Gud! din Almagt vi tilbeder,
skjøndt med Vemod vi begræder,
at «Najadens» første Mand
reddes skal fra Skud og Brand
for at ende daadfuld Møie
nær ved Havn - for Venners Øie,Forsyn! Du alene leder
Ormens Gang og Heltens Hæder.
Holm i dit kjække elskte Navn
skal frembringe Fremtids Gavn.
Fred med Dødens gjorte Bytte!
Ak! vor Kummer kan ei nytte.
Trøst de Elskte, som beklager
Tab af Barn, af Mand, af Fader!
Trøst den Mand, hvis ømme Viv
ofred' sit og Barnets Liv.
Fred med Dødens gjorte Bytte!
Ak! vor Kummer kan ei nytte.
Samtidig med Sangen bekrandsedes Kisterne af ommeldte Piger. Toget gik i samme Orden ud, og Kisterne nedsænkedes, hvorefter Hr. Pastor Bull fra Fredriksværn deklamerede følgende af ham forfattede Ord :
Her, hvor Gravens stille Fred sig breder ud,
trygt i Ly for hint vildt fraadend' Hav,
ja! ved Foden af dit Tempel, store Gud!
hvile skal de Venner, Du os gav.
Dybt ak! Sorgens Pil den saaret har vor Barm,
bittert triller Øiets Taare ned,
mat og kraftløs zittrer Vennens hulde Arm,
mens den reder Eders Hvilested.
Dog - I fulgte jo Almagtens store Bud,
det jo kaldte Eder hisset hen;
engang Dødens Herre, Livets gode Gud
gjenforener os i Himmelen.
Derefter blev Gravsangen sunget, under hvilken Tid fra de tvende Kanonchalupper, som var herinde, samt de tvende Kanonjoller, som her er stationerede, hvilke fra Begyndelsen af laa i Frontlinie tværs over Løbet med Flag og Vimpel paa halv Stang, blev givet 7 Sørgeskud med et halvt Minuts Mellemrum mellem hvert Skud, hvorpaa Toget gik i samme Orden tilbage til Hr. Just Wright, hvor passeredes Aftenen, og blev ved Bordet af Værten udbragt nogle meget nette Skaaler i denne Anledning. Vi gjorde saaledes alt, hvad der stod i vor Magt, for at hædre denne sjeldne, agtede Mand.»
For Kaptein Holms Efterladte blev der sørget; thi under 3die Januar 1813 bevilgede Kongen til Holms Enke et Gratiale af 1500 Rdl., og resolverte under 2den Januar 1814, at hun aarlig skulde have en Pension af 300 Rdl.
For at hædre Holms Minde reiste hans Vaabenbrødre et Monument paa hans Grav paa Langesunds Kirkegaard, ligesom ogsaa en Kanonbaad, som i Juli 1813 løb af Stabelen i Throndhjem, fik Navnet: Kaptein Hans Peter Holm.